El Colegio Luis Amigó recibió el 10 de noviembre de 2000 el «Reconocimiento de la Excelencia en la Educación y Formación» para el período que comprende entre el año 2000 y 2002 en el Modelo Europeo de Calidad EFQM (European Foundation for Quality Management) y con el Club Gestión de la Calidad de España.

El 24 de octubre de 2002 fue reconocido, asimismo, con el primer premio Caja Rural de Navarra sobre las Buenas Prácticas Ambientales en los centros escolares.

Entre 2004 y 2007, el centro académico continúa inmerso dentro de un proceso de progresivo crecimiento y afianzamiento. En Preescolar se implantan dos líneas de un año y otras dos de dos años. Además, se consolidan las cuatro líneas de actuación en Educación Infantil, las tres de Educación Primaria, dos en ESO y dos en Bachillerato.

El colegio sigue trabajando con alumnos y alumnas con dificultades y con carencias que les impiden estar en un ámbito normalizado. Para ello cuenta, entre otros, con el recurso del Programa de Currículo Adaptado (PCA).

También se han introducido numerosas actividades deportivas, canalizadas por medio del Club Deportivo Amigó, y actividades culturales siendo el máximo exponente la Academia de Música Luis Amigó, fundada en septiembre de 2010.

Últimas mejoras
El crecimiento educativo ha supuesto ir mejorando y desarrollando infinidad de recursos y mejoras en el centro. Así las cosas, se ha construido un nuevo Edificio Aulario con múltiples espacios repartidos por sus cuatro plantas. Se han dispuesto seis aulas nuevas en la 2ª planta del Edificio Principal de Primaria y Secundaria, se han remodelado totalmente las infraestructuras (edificios, frontón, gimnasio, Iglesia, pabellón…), se han construido dos campos de fútbol de hierba artificial, se han equipado las aulas con las últimas mejoras y se ha dado un gran paso al frente en lo que a recursos informáticos se refiere.

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Perspectivas de futuro
La perspectiva de futuro es buena. Así lo plasma el progresivo crecimiento de la población del centro durante el trienio iniciado, dando respuesta a las muchas familias que demandan para sus hijos e hijas una educación de calidad y confesional. Además, la situación y el entorno, con zonas de nueva construcción de viviendas en las que se está instalando gente joven, auguran un buen futuro y alumnado para la institución.

Por último, el colegio tiene la tarea de revitalizar la actividad en el Centro Lagun Etxea. De hecho, ya se está utilizando como residencia de jugadores del CA Osasuna que viven lejos de Pamplona y que durante el día estudian en nuestro centro. Se trata de un interesante y prometedor convenio de colaboración apoyado por Bienestar Social, Deporte y Juventud del Gobierno de Navarra.